Bacon, 1608 yılından itibaren yeryüzünde bir bilimsel keşif merkezi gibi işleyecek ideal bir devlet tasarlamak ister. Yeni Atlantis adıyla kurguladığı ütopik çalışmasında bu isteğini gözler önüne serer. Ye­ni At­lan­tisi ya­zar­ken esin­len­di­ği eser­ler Pla­ton­un Dev­let, Ti­ma­eus ve Cri­ti­ası ile Tho­mas Mo­reun Ütopya­sı­dır. Bacon eserini önce İngilizce kaleme almış, sonra da ölümsüzlüğe kavuşacağı inancıyla Latinceye çevirmiş ve İngilizce metinde olmayan birçok ekleme yapmıştır.
Dünyanın uçsuz bucaksız denizlerinde, kaybolmuş ada Bensalemin keşfedilmesiyle başlayan olayların anlatıldığı Yeni Atlantisin ilk sayfaları, bir yıl Peruda konakladıktan sonra Çin ve Japonyaya doğru yola çıkan Avrupalı denizcilerin açık denizlerde doğaya karşı verdikleri mücadeleye ayrılmıştır. Büyük felaketlerin ardından bir ütopyayı hayata geçiren insanların arasında yaşamaya başlarlar.
Yeni Atlantis, Baconın toplumların bilimle gelişeceğine olan inancının aynasıdır. Eski ütopyaların içeriğindeki sosyal yasama, dinsel reformlar ve bilginin dağılımına kendi ütopyasında bilimin iktidarını katmıştır. Bacon, ideal devletin doğayı insanoğlunun yararına nasıl kullanabileceğini somut olarak göstermeye çalışmıştır.